Kolej Matrikulasi Labuan mempunyai 19 buah makmal sains yang melengkapi prasarana utama kolej bagi perlaksanaan mata pelajaran teras sains (Kimia, Biologi & Fizik) SDS dan SES.  Makmal sains merupakan asas penting bagi melahirkan golongan pelajar lepasan matrikulasi yang menguasai teori sains disamping mahir dalam  kemahiran manipulatif pengendalian radas dan bahan kimia dalam amali sains.

Pengurusan dan pentadbiran makmal sains KML adalah di bawah tanggungjawab Ketua Jabatan Sains dengan dibantu oleh  Ketua Pembantu Makmal Kanan dan Ketua Pembantu Makmal (Kimia, Biologi dan Fizik).

Makmal Sains di KML dibahagikan kepada 3 unit iaitu :-

Aras 1 - Unit Kimia           : 7 buah Makmal Sains Kimia

Aras 2 - Unit Biologi         : 5 buah Makmal Sains Biologi

Aras 3 - Unit Fizik             : 7 buah Makaml Sains Fizik

Setiap makmal sains di KML dilengkapi dengan peralatan serta bahan-bahan yang diperlukan bagi setiap amali sains pelajar berdasarkan silibus yang dimurnikan oleh Bahagian Matrikulasi, Kementerrian Pendidikan Malaysia. Segala kelengkapan dan bahan kimia yang terdapat di dalam setiap makmal mampu menampung keperluan para pelajar bagi menguasai kemahiran yang diperlukan sejajar dengan aspirasi KML melahirkan pelajar yang berkemahiran tinggi dan intelek.